Разработчик
Южный федеральный университет Институт математики, механики и компьютерных наук Адрес: 344090, г. Ростов-на-Дону, ул. Мильчакова 8а тел.: +7 (863) 297-51-11, моб. +7 (918) 509-05-14 E-mail: borsteinb@mail.ru www.ops.rsu.ru |
Область применения (рынок)
Государственные и коммерческие организации, ведущие геномные исследования в области геномики и медицинской генетики. |
Краткое техническое описание проекта (разработки)
Пакет высокопроизводительных программ для многоядерных процессоров, для процессоров с графическими ускорителями, для высокопроизводительных кластеров. Первая версия пакета предназначена для решения задач парного и множественного выравнивания, построения филогенетических деревьев, поиска в нуклеотидных последовательностях подпоследовательностей близких к заданным шаблонам, поиска праймеров и мотивов, и др. Программы обладают набором характеристик, позволяющих анализировать генетические (геномные) данные и использоваться для решения задач персонализованной медицины, оценки биобезопасности продуктов питания и микробиологического качества природных вод. |
Суть инновационного решения (новизна), конкурентные преимущества
Используются технологии разработки быстрых программ, включая переход к блочным вычислениям и различные виды распараллеливания. |
Стадия разработки (проекта)
Опытный образец |
Финансирование проекта (разработки), потребность в инвестициях (млн.руб.)
Общая стоимость: 10 |
Схема коммерциализации, форма участия инвестора, сроки реализации
Совместные НИОКР, инвестиции, совместное производство, передача технологии и др. Создание фирмы. Срок реализации проекта 2 года, но уже через 1 год можно получить первые конкурентоспособные программы. |
Правовая защита результатов интеллектуальной деятельности
Свидетельство о государственной регистрации программы ЭВМ (для части кода) |
Оценка рынка, потребители продукции, сравнение с российскими и зарубежными аналогами Известные пакеты программ либо существуют в виде дорогостоящих коммерческих проектов с ограниченным сроком действия лицензии, либо имеют невысокую точность и/или производительность. Наши технологии позволяют конкурировать с коммерческими проектами по точности и быстродействию. Это подтверждает наша программа перемножения матриц рекордной производительности http://ops.opsgroup.ru/downloads/dgemm.zip. Эта программа на 5% превосходит соответствующую программу библиотеки PLASMA Джека Донгарры, которая была самой быстрой до этого момента и превосходила MKL и GotoBLAS. А также параллельная программа парного выравнивания с оптимизацией использования кэш-памяти, превосходящая по быстродействию известные в классе точных программ, и др. Известные компиляторы (ICC, GCC, LLVM, MS-VS) не имеют диалогового режима компиляции, перехода к блочным вычислениям (tiling) и нестандартных размещений массивов, которые для многих приложений дают ускорение. Наши технологии позволяют конкурировать с коммерческими библиотеками по быстродействию. Это подтверждает наша программа перемножения матриц рекордной производительности http://ops.opsgroup.ru/downloads/dgemm.zip . Эта программа превосходит соответствующую программу библиотеки PLASMA Джека Донгарры, которая была самой быстрой до этого момента и превосходила MKL и GotoBLAS. технологии оптимизации программ закладываются в нашу распараллеливающую систему www.ops.rsu.ru, которая является прототипом будущего семейства компиляторов. Предполагается уникальная компиляция на процессоры с программируемой архитектурой. |