Пакет высокопроизводительных программ по биоинформатике

Южный федеральный университет

Институт математики, механики и компьютерных наук

Адрес: 344090, г. Ростов-на-Дону, ул. Мильчакова 8а

тел.: +7 (863) 297-51-11, моб. +7 (918) 509-05-14

E-mail: borsteinb@mail.ru

www.ops.rsu.ru

Государственные и коммерческие организации, ведущие геномные исследования в области геномики и медицинской генетики.

Пакет высокопроизводительных программ для многоядерных процессоров, для процессоров с графическими ускорителями, для высокопроизводительных кластеров. Первая версия пакета предназначена для решения задач парного и множественного выравнивания, построения филогенетических деревьев, поиска в нуклеотидных последовательностях подпоследовательностей близких к заданным шаблонам, поиска праймеров и мотивов, и др. Программы обладают набором характеристик, позволяющих анализировать генетические (геномные) данные и использоваться для решения задач персонализованной медицины, оценки биобезопасности продуктов питания и микробиологического качества природных вод.

Используются технологии разработки быстрых программ, включая переход к блочным вычислениям и различные виды распараллеливания.

Опытный образец

Общая стоимость: 10

Совместные НИОКР, инвестиции, совместное производство, передача технологии и др. Создание фирмы. Срок реализации проекта 2 года, но уже через 1 год можно получить первые конкурентоспособные программы.

Свидетельство о государственной регистрации программы ЭВМ (для части кода)

Оценка рынка, потребители продукции, сравнение с российскими и зарубежными аналогами

Известные пакеты программ либо существуют в виде дорогостоящих коммерческих проектов с ограниченным сроком действия лицензии, либо имеют невысокую точность и/или производительность. Наши технологии позволяют конкурировать с коммерческими проектами по точности и быстродействию. Это подтверждает наша программа перемножения матриц рекордной производительности http://ops.opsgroup.ru/downloads/dgemm.zip. Эта программа на 5% превосходит соответствующую программу библиотеки PLASMA Джека Донгарры, которая была самой быстрой до этого момента и превосходила MKL и GotoBLAS. А также параллельная программа парного выравнивания с оптимизацией использования кэш-памяти, превосходящая по быстродействию известные в классе точных программ, и др.

Известные компиляторы (ICC, GCC, LLVM, MS-VS) не имеют диалогового режима компиляции, перехода к блочным вычислениям (tiling) и нестандартных размещений массивов, которые для многих приложений дают ускорение.

Наши технологии позволяют конкурировать с коммерческими библиотеками по быстродействию. Это подтверждает наша программа перемножения матриц рекордной производительности http://ops.opsgroup.ru/downloads/dgemm.zip . Эта программа превосходит соответствующую программу библиотеки PLASMA Джека Донгарры, которая была самой быстрой до этого момента и превосходила MKL и GotoBLAS. технологии оптимизации программ закладываются в нашу распараллеливающую систему www.ops.rsu.ru, которая является прототипом будущего семейства компиляторов. Предполагается уникальная компиляция на процессоры с программируемой архитектурой.